Et Miljøfyrtårnsertifikat, er bevis for at en virksomhet har innført et miljøledelsessystem i henhold til kravene til Miljøfyrtårn, og at systemet er kontrollert av 3. part dvs. en sertifisør. For miljøfyrtårn sin del administreres sertifisering av den kommunen hvor bedriften drives. Miljøfyrtårn kurser og godkjenner sertifisører. Det finnes i dag over 7500 virksomheter i Norge som er Miljøfyrtårnsertifisert.